製品版のアプリケーションソフト(msi、InstallShield等のインストーラのパッケージソフト)を、、、

http://www.hatena.ne.jp/1127530303
すみません、質問者さん、回答ではありません。
質問だったりします。

何がやりたいのでしょう？？？
それがわからないので、なんとも、、、。
１．の回答は、正論です。
それが事実、と言っても良い。

ただ、受け渡しを簡単にするために、一つのファイルにしたいのなら、
自己解凍形式で圧縮してしまう手も、、、。
msiが便利なの、というのであれば、
インストーラをインストールするアプリケーションを作成する、という手がありますね。
せこい解決策ですが、、、。
がんばれば、画面なしのmsiで、インストーラをTempフォルダにインストールし、
インストーラを実行後、Tempフォルダの中身を削除、なんてこともできるような気がする、、、。
再起動が入ると難しいかもしれないけど。

何にしても、この質問では、１．の回答が限界かなぁ？

そういえば、msiエクスプローラ？とかいうソフトがあったような、、、。
msiの中身を覗いて、さらに、編集できる。
これを使えば、ファイルを追加することもできた気が。
msi形式のインストーラでファイルを追加したい場合は、この手もある。
、、、なんか著作権的に、やっちゃいかんことのような気がするけど、、、。
また、単純にmsi＋Setup.exeみたいなインストーラは、exeはmsiのランチャーでしかない。
（厳密には、98等msiに対応してないOSのサポート処理があるけど。）
だから、その手の製品の場合、msiがあれば事が足りたりもする。
そんな事は、ご存知ですかね？